Lääkkeen yleisimpiä haittavaikutuksia ovat erilaiset tulehdukset, painon aleneminen, ruokahaluttomuus, unettomuus, päänsärky, huimaus, tuntoharhat, makuhäiriöt, verenpaineen heittelyt, kuumat aallot, silmä -tai sydänoireet, vapina, hengitystieoireet, mahavaivat, voimattomuus, rintakehän kipu, vilunväristykset, väsymys, turvotus, nivel- ja lihaskivut, iho-oireet, hiusten lähtö ja kynsiongelmat. Joskus voi esiintyä myös yliherkkyysreaktioita, huonovointisuutta, mielialan muutoksia, lihaskouristuksia sekä selkä-, luu-, raaja- tai niskakipua. Herceptinin käytön yhteydessä tiedetään esiintyvän lääkkeen antoon liittyviä reaktioita, joiden esiintymisriskiä voidaan pienentää esilääkityksellä. Jos hoidon aikana ilmenee ajokykyä heikentäviä oireita, autolla ajoa on vältettävä, kunnes oireet häviävät.