Lääkkeen yleisimmät haittavaiktukset ovat ruokahaluttomuus, mielialan muutokset, huimaus, uneliaisuus, muistin heikentyminen ja kahtena näkeminen. Joskus voi esiintyä myös mustelmia, yliherkkyyttä, ajatuksen hitautta, huomiokyvyn häiriöitä, silmävärvettä, tuntohäiriöitä, puhehäiriöitä, vapinaa, mahavaivoja, ihottumaa, kutinaa, kaljuuntumista, uupumusta, kuumetta, turvotusta tai painonlaskua.

Tsonisamidi voi saada lapset hikoilemaan vähemmän ja ylikuumenemaan, mikä on hoitamattomana hengenvaarallista. Jos lapsella esiintyy ylikuumenemisen oireita (erittäin kuuma iho ja hikoilu hyvin vähäistä/olematonta, sekavuus, lihaskrampit tai nopeutunut syke tai hengitys), on otettava välittömästi yhteyttä lääkäriin.

Jos ilmenee itsemurha-ajatuksia tai -käyttäytymistä, on otettava yhteyttä lääkäriin.

Uneliaisuus tai keskittymisvaikeudet voivat heikentää ajokykyä.